您好，抱歉，因為這幾週太忙碌，未注意留言板，請見諒。關於問題，簡要回覆如下: 
1.不曉得當初你們將土地過戶給建商時，地政機關的移轉登記資料中，是否有註記合建等資訊?  建議先去調閱土地異動索引表。
2.建商將土地賣給A公司時，若建商隱瞞土地是合建地主轉移，A公司不知道合建一事，A公司是可以主張善意第三人。
3.建物雖然是違建，但依實務見解，仍可適用民法第425條之1，推定有租賃關係存在。
4.你說的承租人優先購買權是成立在你們與A公司之間，而非你們與建商之間，況且承租人優先購是建立在「租用基地建築房屋」，與你們的情況不同。
5.建商把「自己名下土地」賣給A公司是合法的，除非A公司與建商通謀虛偽買賣土地。
以上供參考，謝謝。